• La Comisión de Salud Fronteriza México-Estados Unidos, está compuesta por una Sección de México y una Sección de Estados Unidos de América.
• La Sección estadounidense de la Comisión está formada por el secretario de Salud y Servicios Humanos o el delegado del secretario y otros 12 miembros que son designados por el Gobierno de Estados Unidos de América. El Comisionado de la Sección estadounidense es el secretario de Salud y Servicios Humanos o el delegado del secretario.
• La Sección mexicana de la Comisión estará formada por el Secretario de Salud, como Comisionado, que podrá ser representado por su Delegado; los Secretarios de Salud de los 6 estados de la frontera norte de México, como Miembros; y otros 6 Miembros de la sociedad civil, propuestos por cada Secretario de Salud estatal, previa opinión de la comunidad académica y de la organización de la sociedad civil, y con el visto bueno de todos los demás Miembros.

La Comisión cuenta con oficinas estatales de representación en las ciudades fronterizas de ambos países.