La Comisión de Salud Fronteriza México-Estados Unidos está compuesta por una Sección mexicana y una Sección estadounidense.
La Sección mexicana de la Comisión está formada por:
- Secretario de Salud Federal como Comisionado; que podrá ser representado por su Delegado
- Secretarios de Salud de los 6 estados de la frontera norte de México, como Miembros
- 6 Miembros de la sociedad civil propuestos por cada Secretario de Salud estatal, previa opinión de la comunidad académica y de la organización de la sociedad civil, con el visto bueno de todos los demás Miembros.
La Sección estadounidense de la Comisión está formada por:
- Secretario de Salud y Servicios Humanos, como Comisionado; o su Delegado.
- 12 Miembros designados por el Gobierno de Estados Unidos de América.
La Comisión cuenta con oficinas estatales de representación en las ciudades fronterizas de ambos países.