Las prioridades de la CSFMEU se basan en la iniciativa Frontera Saludable 2020 (FS2020), un programa que define las prioridades de la salud fronteriza y que permite a la CSFMEU desarrollar su plan de trabajo anualmente.

Frontera Saludable 2020 se basa en los logros de la iniciativa de la última década titulada «Frontera Saludable 2010: Una Agenda para Mejorar la Salud en la Frontera México-Estados Unidos», así como el posterior Balance Intermedio de Frontera Saludable 2010 y los resultados del ejercicio realizado por el Grupo Técnico Binacional que identificó los principales retos a lo largo de la frontera México-Estados Unidos en materia de salud.

Por ello, el desarrollo de FS2020 es un esfuerzo binacional y refleja los resultados de diversas personas y organizaciones que se reunieron para servir como el Grupo Técnico Binacional encargado de desarrollar un plan estratégico bilateral. Este programa permite a los tomadores de decisiones y al público en general conocer un contexto y las recomendaciones especializadas para el logro de objetivos concretos.