Las iniciativas de la Sección mexicana de la CSFMEU, están dirigidas a la prevención de enfermedades, promoción de la salud, capacitación, generación de conocimiento y difusión de los principales temas de salud fronteriza, mediante el fortalecimiento de alianzas y la coordinación a nivel local y binacional. 

Las iniciativas se desarrollan de acuerdo a tres proyectos estratégicos: