La Comisión de Salud Fronteriza México-Estados Unidos (CSFMEU), como parte de una de sus funciones establecidas en el Acuerdo de creación, a lo largo de estos 25 años, ha colaborado con diversas instituciones académicas, organizaciones de la sociedad Civil, organismos internacionales, gobierno federal y estatal, en diversas actividades relacionadas con la investigación en la región fronteriza México-Estados Unidos.
Con el objetivo de abordar los vacíos de información, financiamiento y aplicación de la investigación, la CSFMEU coordinó diversos foros binacionales en los que reunió a representantes de instituciones y otros asociados de investigación pública y privada de ambos lados de la frontera. Conformó un Panel de Expertos de Investigación en Salud y se realizaron diversos Foros de Investigación para la discusión de las necesidades y prioridades en salud en la frontera. Por otro lado , la Sección mexicana impulsó la formación e integración de la Red Binacional en Salud Fronteriza, con enfoque multidisciplinario e interinstitucional para responder a los retos comunes en salud pública en la frontera México-Estados Unidos.
La Red funcionó como un agente articulador de las diferentes acciones y esfuerzos en salud que se realizan en la zona fronteriza, y se conformó por investigadores de instituciones académicas de la región. La Red es la única iniciativa financiada por CONACyT de carácter binacional en los 10 estados de la frontera México-Estados Unidos; y contribuyó al fortalecimiento de recursos humanos de la región, la integración de capacidades de diversos actores interesados en salud fronteriza e intercambio entre instituciones e investigadores con menor y mayor experiencia en temas de salud fronteriza.
Como resultado de la Red, desde el 2022 se conformó el grupo de investigación en Salud Fronteriza, cuya función principal es desarrollar la Agenda de Investigación en Salud Fronteriza (AISF), iniciativa que fue aprobada por los Miembros de la Sección mexicana, con el propósito de definir las prioridades de investigación, capacitación y difusión, en temas prioritarios de salud para Frontera Saludable 2030 definidos por los Miembros binacionalmente en septiembre de 2022 en El Paso, Tx.
En el primer taller se retomaron las acciones propuestas por el Panel de Expertos de Investigación en Salud Fronteriza, y sirvió como espacio para discutir los temas clave para incluir en la Agenda, tomando en cuenta las prioridades identificadas y aprobadas por los Miembros de la CSFMEU para la región y el programa Frontera Saludable 2030.
Primer taller AISF 2022
En diciembre de 2023, se llevó a cabo el segundo taller, al cual se convocaron investigadores de diversas instituciones académicas de la frontera México-Estados Unidos. Su propósito principal fue dar prioridad a proyectos encaminados a lograr las metas de Frontera Saludable 2030.
El taller contó con la colaboración de personas expertas provenientes de los 10 estados fronterizos, fortaleciendo el enfoque binacional y multidisciplinario de la Agenda.

Como parte de las actividades realizadas en el desarrollo de la AISF se han realizado dos talleres de planeación estratégica donde se realizaron las siguientes actividades:
- Discusión de las necesidades de investigación a partir de las prioridades establecidas en Frontera Saludable 2030 descritas a continuación:
- Enfermedades transmisibles
- Salud mental
- Enfermedades crónicas NO transmisibles
- Entorno saludable
- Violencia y sus consecuencias / impacto en salud
- Preparación para emergencias y desastres en salud pública
- Salud ambiental / Consecuencias del cambio climático
- Salud materna / Embarazo Adolescentes / Muerte Materna
- Adicciones y abuso de sustancias
- Servicios transfronterizos de salud / Turismo de salud
- Población en movilidad
- Definición de 5 Líneas Prioritarias para focalizar los temas:

Como parte del trabajo y aportación en investigación, la Sección mexicana de la CSFMEU ha trabajado en proyectos de investigación para generar conocimiento sobre salud fronteriza. En colaboración con diferentes instituciones académicas estadounidenses, la CSFMEU ha contribuido en la generación de evidencia en temas como Asma, la salud y bienestar de hijos de migrantes deportados, el riesgo de VIH e ITS, adicciones, sífilis, hepatitis, salud mental, enfermedades crónicas, acceso a servicios de salud y prevención de VIH en mujeres dentro de contextos de alto uso de sustancias.
Las diversas investigaciones se han realizado en poblaciones vulnerables de la región fronteriza y en población migrante, entre las que destacan: Binational Early Asthma & Microbiome Study (BEAMS); y el Proyecto Migrante: Estado de salud y acceso a la atención médica entre las personas migrantes en la frontera norte de México; un Observatorio de Salud Migrante en la frontera México-Estados Unidos.